Entre las muchas opciones, estas cinco manchas son las más comunes, comenzando con el bromuro de etidio, que es el más utilizado. Al trabajar con este proceso, es importante no solo conocer las diferencias entre las manchas sino también los riesgos inherentes a la salud.
El bromuro de etidio es probablemente el tinte más conocido utilizado para visualizar el ADN. Se puede usar en la mezcla de gel, el tampón de electroforesis o para teñir el gel después de que se ejecute.
Las moléculas del tinte se adhieren a las hebras de ADN y fluorescen bajo la luz ultravioleta, mostrándole exactamente dónde están las bandas dentro del gel. A pesar de su ventaja, el inconveniente es que el bromuro de etidio es un carcinógeno potencial, por lo que debe manejarse con mucho cuidado.
El tinte de oro SYBR se puede usar para teñir ADN de cadena doble o simple o para teñir ARN. SYBR Gold llegó al mercado como una de las primeras alternativas al bromuro de etidio y se considera más sensible.
Debido a que la fluorescencia de la molécula libre es muy baja, no se requiere des tinción. Las sondas moleculares con licencia también han desarrollado y comercializado (desde el lanzamiento de SYBR Gold) SYBR Safe y SYBR Green, que son alternativas más seguras al bromuro de etidio.
Las manchas SYBR Green I y II (nuevamente, comercializadas por Molecular Probes) están optimizadas para diferentes propósitos. Debido a que se unen al ADN, todavía se consideran mutágenos potenciales y, por eso, deben manejarse con cuidado.
SYBR Green I es más sensible para usar con ADN bicatenario, mientras que SYBR Green II, por otro lado, es mejor para usar con ADN o ARN monocatenario. Al igual que la popular mancha de bromuro de etidio, estas manchas altamente sensibles fluorescen bajo la luz UV.
El fabricante recomienda que SYBR Green I y II se utilicen con "Polaroid 667 negro y 25" de epi-iluminación de 254 nm y película blanca y un filtro fotográfico de tinción de gel SYBR Green "para lograr la detección de 100 pg de ARN o ADN de cadena sencilla por banda.
SYBR Safe fue diseñado para ser una alternativa más segura al bromuro de etidio y otras manchas SYBR. No se considera desecho peligroso y generalmente se puede eliminar a través de los sistemas de alcantarillado regulares (es decir, por el desagüe), porque las pruebas de toxicidad indican que no hay toxicidad aguda.
Prueba también indica Hay poca o ninguna genotoxicidad en las células de embrión de hámster sirio (SHE), linfocitos humanos, células de linfoma de ratón, o se observa en la prueba de AMES. La mancha se puede usar con un transiluminador de luz azul que causa menos daño al ADN que se visualiza y ofrece una mejor eficiencia para la clonación posterior.
También es una buena opción si está utilizando geles de bajo punto de fusión para la recuperación de ADN. Es muy estable a altas temperaturas y tiene una fluorescencia muy baja por sí sola, pero es altamente fluorescente cuando se une al ADN. También se ha demostrado que Eva Green tiene una citotoxicidad muy baja o nula o mutagenicidad.