En ciertas regiones, como el sur de la India, los reinos hindúes se mantuvieron e incluso rechazaron la marea musulmana. El subcontinente también se enfrentó a las invasiones de los famosos conquistadores de Asia Central. Genghis Khan, que no era musulmán, y Timur o Tamerlán, quien era.
Este período fue un precursor de la era mogol (1526-1857). los Imperio mogol fue establecido por Babur, un príncipe musulmán originario de Uzbekistán. Debajo de Mughals posteriores, particularmente Akbar el grande, los emperadores musulmanes y sus súbditos hindúes alcanzaron una comprensión sin precedentes y crearon un hermoso y floreciente estado multicultural, multiétnico y religiosamente diverso.
En 1206, un ex Mameluco Un esclavo llamado Qutbubuddin Aibak conquistó el norte de India y fundó un reino. Se llamó a sí mismo sultán de Delhi. Aibak era un hablante turco de Asia Central, al igual que los fundadores de tres de los siguientes cuatro sultanatos de Delhi. Un total de cinco dinastías de sultanes musulmanes gobernaron gran parte del norte de la India hasta 1526, cuando
Babur barrió desde Afganistán para fundar la dinastía mogol.En 1221, el sultán Jalal ad-Din Mingburnu huyó de su capital en Samarcanda, Uzbekistán. Su Imperio Khwarezmid había caído ante los ejércitos que avanzaban de Genghis Khan, y su padre había sido asesinado, por lo que el nuevo sultán huyó hacia el sur y el este hacia la India. En el río Indo, en lo que ahora es Pakistán, los mongoles atraparon a Mingburnu y a sus 50,000 tropas restantes. El ejército mongol tenía solo 30,000 efectivos, pero atrapó a los persas contra la orilla del río y los diezmó. Puede ser fácil sentir pena por el sultán, pero la decisión de su padre de asesinar a los enviados mongoles fue la chispa inmediata que desencadenar las conquistas mongoles de Asia Central y más allá en primer lugar.
La dinastía Chola del sur de la India tuvo una de las carreras más largas de cualquier dinastía en la historia humana. Fundada en algún momento en los años 300 a. C., duró hasta el año 1250 CE. No hay registro de una sola batalla decisiva; más bien, el vecino Imperio Pandyan simplemente creció en fuerza e influencia hasta tal punto que eclipsó y extinguió gradualmente la antigua política Chola. Estos reinos hindúes estaban lo suficientemente al sur como para escapar de la influencia de los conquistadores musulmanes que venían de Asia Central.
En 1290, la dinastía mameluca en Delhi cayó, y la dinastía Khilji surgió en su lugar para convertirse en la segunda de las cinco familias en gobernar el sultanato de Delhi. La dinastía Khilji conservaría el poder solo hasta 1320.
Durante su breve reinado de 30 años, la dinastía Khilji evitó con éxito una serie de incursiones del Imperio mongol. La batalla final y decisiva que terminó con los intentos de los mongoles de tomar India fue la Batalla de Jalandhar en 1298, en el cual el ejército de Khilji asesinó a unos 20,000 mongoles y expulsó a los sobrevivientes de la India por bueno.
En 1320, una nueva familia de sangre mixta turca e india tomó el control del Sultanato de Delhi, comenzando el período de la dinastía Tughlaq. Fundada por Ghazi Malik, la dinastía Tughlaq se expandió hacia el sur a través de la meseta de Deccan y conquistó la mayor parte del sur de la India por primera vez. Sin embargo, estos logros territoriales no duraron mucho. Para 1335, el Sultanato de Delhi se había reducido a su área acostumbrada en el norte de la India.
Curiosamente, el famoso viajero marroquí Ibn Battuta sirvió como qadi o juez islámico en la corte de Ghazi Malik, quien había tomado el nombre del trono de Ghyasuddin Tughlaq. No estaba favorablemente impresionado con el nuevo gobernante de la India, lamentando las diversas torturas utilizadas contra personas que no pagaron impuestos, incluso que les arrancaran los ojos o que les derramara plomo fundido Gargantas Ibn Battuta estaba particularmente horrorizado porque estos horrores fueron perpetrados tanto contra musulmanes como contra infieles.
Cuando el poder de Tughlaq disminuyó rápidamente en el sur de la India, un nuevo imperio hindú se apresuró a llenar el vacío de poder. El Imperio Vijayanagara gobernaría por más de trescientos años desde Karnataka. Trajo una unidad sin precedentes al sur de la India, basada principalmente en la solidaridad hindú frente a la amenaza musulmana percibida en el norte.
Aunque los Vijayanagara pudieron unir gran parte del sur de la India, pronto perdieron la fértil Meseta de Deccan que se extiende por la cintura del subcontinente a un nuevo sultanato musulmán. El Sultanato de Bahmani fue fundado por un rebelde turco contra los Tughlaqs llamado Ala-ud-Din Hassan Bahman Shah. Arrancó el Deccan lejos del Vijayanagara, y su sultanato se mantuvo fuerte durante más de un siglo. En la década de 1480, sin embargo, el Sultanato de Bahmani entró en un fuerte declive. Para 1512, cinco sultanatos más pequeños se habían separado. Quince años después, el estado central de Bahmani había desaparecido. En innumerables batallas y escaramuzas, los pequeños estados sucesores lograron evitar la derrota total del Imperio Vijayanagar. Sin embargo, en 1686, el despiadado emperador Aurengzeb de los mogoles conquistó los últimos restos del sultanato de Bahmani.
El sultanato de Madurai, también conocido como el sultanato de Ma'bar, era otra región gobernada por los turcos que se había liberado del sultanato de Delhi. Con base en el extremo sur de Tamil Nadu, el Sultanato de Madurai duró solo 48 años antes de ser conquistado por el Reino de Vijayanagara.
El siglo XIV del calendario occidental terminó en sangre y caos para la dinastía Tughlaq del sultanato de Delhi. El conquistador sediento de sangre Timur, también conocido como Tamerlán, invadió el norte de India y comenzó a conquistar las ciudades de los Tughlaqs una por una. Los ciudadanos de las ciudades afectadas fueron masacrados, sus cabezas cortadas apiladas en pirámides. En diciembre de 1398, Timur tomó Delhi, saqueó la ciudad y asesinó a sus habitantes. Los Tughlaq se mantuvieron en el poder hasta 1414, pero su ciudad capital no se recuperó del terror de Timur durante más de un siglo.