Desastrosas inundaciones en el Río Amarillo lavó los cultivos, ahogó a los aldeanos y cambió el curso del río para que ya no se encontrara con el Gran Canal. Los hambrientos sobrevivientes de estas catástrofes comenzaron a pensar que sus gobernantes étnico-mongoles, los Dinastía Yuanhabía perdido el Mandato celestial. Cuando esos mismos gobernantes obligaron a 150,000 a 200,000 de sus súbditos chinos Han a acudir a una corvee laboral masiva para cavar el canal una vez más y unirse al río, los trabajadores se rebelaron. Este levantamiento, llamado la Rebelión del Turbante Rojo, marcó el comienzo del fin del dominio mongol sobre China.
El primer líder de los Turbantes Rojos, Han Shantong, reclutó a sus seguidores de los trabajadores forzados que estaban cavando el lecho del canal en 1351. El abuelo de Han había sido un líder de secta de la secta del Loto Blanco, que proporcionó los fundamentos religiosos para la Rebelión del Turbante Rojo. Las autoridades de la dinastía Yuan pronto capturaron y ejecutaron a Han Shantong, pero su hijo tomó su lugar al frente de la rebelión. Ambos Hans pudieron jugar con el hambre de sus seguidores, su disgusto por verse obligados a trabajar sin pagar por el gobierno, y su profunda aversión a ser gobernados por "bárbaros" de Mongolia. En el norte de China, esto provocó una explosión de la actividad antigubernamental del Turbante Rojo.
Mientras tanto, en el sur de China, comenzó un segundo levantamiento del Turbante Rojo bajo el liderazgo de Xu Shouhui. Tenía quejas y objetivos similares a los de los Turbantes Rojos del norte, pero los dos no estaban coordinados de ninguna manera.
Aunque los soldados campesinos se identificaron originalmente con el color blanco (de la White Lotus Society), pronto cambiaron al color rojo, mucho más afortunado. Para identificarse, llevaban cintas para la cabeza rojas o Hong Jin, que dio al levantamiento su nombre común como la "Rebelión del Turbante Rojo". Armado con armas improvisadas e implementos agrícolas, no deberían haber sido una amenaza real para los ejércitos liderados por los mongoles del gobierno central, pero la dinastía Yuan estaba en confusión.
Inicialmente, un comandante capaz llamado el Consejero Principal Toghto pudo reunir una fuerza efectiva de 100,000 soldados imperiales para sofocar los Turbantes Rojos del norte. Tuvo éxito en 1352, derrotando al ejército de Han. En 1354, los Turbantes Rojos volvieron a la ofensiva, cortando el Gran Canal. Toghto reunió una fuerza tradicionalmente numerada en 1 millón, aunque sin duda es una gran exageración. Justo cuando comenzó a moverse contra los Turbantes Rojos, la intriga judicial provocó que el emperador destituyera a Toghto. Sus oficiales indignados y muchos de los soldados desertaron en protesta por su destitución, y el tribunal de Yuan nunca pudo encontrar a otro general efectivo para dirigir los esfuerzos contra el Turbante Rojo.
A finales de 1350 y principios de 1360, los líderes locales de los Turbantes Rojos lucharon entre ellos por el control de los soldados y el territorio. Gastaron tanta energía el uno en el otro que el gobierno de Yuan quedó en relativa paz por un tiempo. Parecía que la rebelión podría colapsar bajo el peso de la ambición de diferentes señores de la guerra.
Sin embargo, el hijo de Han Shantong murió en 1366; Algunos historiadores creen que su general, Zhu Yuanzhang, lo había ahogado. Aunque tomó dos años más, Zhu dirigió a su ejército campesino para capturar la capital mongol en Dadu (Beijing) en 1368. La dinastía Yuan cayó y Zhu estableció una nueva etnia Han. chino dinastía llamada el Ming.