TBE y TAE se usan como amortiguadores en biología molecular, principalmente para electroforesis de ácidos nucleicos. Los tampones Tris se usan en condiciones de pH ligeramente básicas, como para la electroforesis de ADN, porque esto mantiene el ADN soluble en la solución y desprotonado para que sea atraído hacia el electrodo positivo y migre a través de un gel. EDTA es un ingrediente en la solución porque este común agente quelante protege los ácidos nucleicos de la degradación por enzimas. El EDTA quela los cationes divalentes que son cofactores de las nucleasas que pueden contaminar la muestra. Sin embargo, dado que el catión de magnesio es un cofactor para la ADN polimerasa y las enzimas de restricción, la concentración de EDTA se mantiene deliberadamente baja (alrededor de una concentración de 1 mM).
No necesita esterilizar la solución. Aunque la precipitación puede ocurrir después de un período de tiempo, la solución madre todavía es utilizable. Puede ajustar el pH utilizando un medidor de pH y la adición gota a gota de concentrado
ácido clorhídrico (HCl). Está bien almacenar el tampón TBE a temperatura ambiente, aunque es posible que desee filtrar la solución de reserva a través de un filtro de 0,22 micras para eliminar las partículas que favorecerían la precipitación.El uso accidental de una solución stock 5X o 10X le dará malos resultados porque se generará la mayor cantidad de calor. Además de darle una resolución deficiente, la muestra puede dañarse.
Aunque TBE y TAE son amortiguadores de electroforesis comunes, existen otras opciones para soluciones conductoras de baja molaridad, incluido el tampón de borato de litio y el tampón de borato de sodio. El problema con TBE y TAE es que los amortiguadores basados en Tris limitan el campo eléctrico que se puede usar en la electroforesis porque una carga excesiva provoca una temperatura desbocada.