Los compuestos moleculares contienen dos o más no metales (no el ion amonio). Por lo general, puede reconocer un compuesto molecular porque el primer elemento en el nombre del compuesto es un no metal. Algunos compuestos moleculares contienen hidrógeno, sin embargo, si ve un compuesto que comienza con "H", puede suponer que es un ácido y no un compuesto molecular. Los compuestos que consisten solo en carbono con hidrógeno se denominan hidrocarburos. Los hidrocarburos tienen su propia nomenclatura especial, por lo que se tratan de manera diferente a otros compuestos moleculares.
Los no metales pueden combinarse en una variedad de proporciones, por lo que es importante que el nombre de un compuesto molecular indique cuántos átomos de cada tipo de elemento están presentes en el compuesto. Esto se logra usando prefijos. Si solo hay un átomo del primer elemento, no se utiliza ningún prefijo. Es habitual prefijar el nombre de un átomo del segundo elemento con mono-. Por ejemplo, CO se llama monóxido de carbono en lugar de óxido de carbono.
Puede escribir la fórmula para un compuesto covalente a partir de su nombre escribiendo los símbolos para el primer y segundo elemento y traduciendo los prefijos en subíndices. Por ejemplo, el hexafluoruro de xenón se escribiría XF6. Es común que los estudiantes tengan problemas para escribir fórmulas a partir de nombres de compuestos como compuestos iónicos y compuestos covalentes a menudo se confunden. No está equilibrando las cargas de compuestos covalentes; Si el compuesto no contiene un metal, ¡no intentes equilibrar esto!