El primer contacto entre ambos países fue a través de comerciantes y exploradores. Más tarde, a mediados de 1800, varios representantes de los EE. UU. Viajaron a Japón para negociar acuerdos comerciales, incluido el comodoro Matthew Perry en 1852, quien negoció el primer tratado comercial y el Convención de Kanagawa. Del mismo modo, una delegación japonesa llegó a Estados Unidos en 1860 con la esperanza de fortalecer las relaciones diplomáticas y comerciales entre ambos países.
Segunda Guerra Mundial vio a los países enfrentarse entre sí después de que los japoneses bombardearon la base naval estadounidense en Pearl Harbor, Hawai, en 1941. La guerra terminó en 1945 después de que Japón sufriera tremendas bajas causadas por el bombardeo atómico de Hiroshima y Nagasaki y el bomba de fuego de Tokio.
El 14 de agosto de 1945, Japón se rindió llevando a una ocupación por las victoriosas fuerzas aliadas. Al obtener el control de Japón, el presidente de los EE. UU. Harry Truman general designado
Douglas MacArthur como comandante supremo de las potencias aliadas en Japón. Las fuerzas aliadas trabajaron en la reconstrucción de Japón, así como en la consolidación de la legitimidad política al ponerse públicamente del lado del emperador Hirohito. Esto permitió MacArthur para trabajar dentro del sistema político. A fines de 1945, aproximadamente 350,000 militares estadounidenses estaban en Japón trabajando en una amplia variedad de proyectos.Bajo control aliado, Japón emprendió una notable transformación caracterizada por el nueva constitución de Japón que enfatizaba los principios democráticos, la reforma educativa y económica y la desmilitarización que estaba incorporada en la nueva constitución japonesa. A medida que se llevaban a cabo las reformas, MacArthur gradualmente cambió el control político a los japoneses que culminaron en el Tratado de San Francisco de 1952 que oficialmente puso fin a la ocupación. Este marco fue el comienzo de una estrecha relación entre ambos países que dura hasta el día de hoy.
El período posterior al tratado de San Francisco se ha caracterizado por una estrecha cooperación entre ambos países, con 47,000 militares estadounidenses restantes en Japón por invitación de los japoneses gobierno. La cooperación económica también ha estado desempeñando un papel importante en la relación con los EE. UU., Proporcionando a Japón cantidades significativas de ayuda en los períodos de posguerra, ya que Japón se convirtió en un aliado en Guerra Fría. La asociación ha resultado en el resurgimiento de la economía japonesa, que sigue siendo una de las economías más fuertes de la región.